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植物體長期沉沒在水下，僅在開花時花柄、花朵才露出水面。如金魚藻、車輪藻、貍藻和眼子菜等，表皮細胞沒有角質或蠟質層，能直接吸收水分和溶于水中的氧和其他營養(yǎng)物質，根部退化或完全消失。葉片上的葉綠體大而多，排列在細胞外圍，能充分吸收透入水中的微弱光線。葉片上沒有氣孔，有完整的通氣組織，能適應水下氧氣相對不足的環(huán)境。無性繁殖占優(yōu)勢，授粉在水面進行。雖然海洋中的大葉藻(Zostera)藻及海藻類均包括在內(nèi)，但一般則是指淡水植物。如黑藻屬(Hydrilla)、苦草屬(Vallisneria)、狐尾藻屬(Myriophyllum)、金魚藻屬(Ceratophyllum)、小葉眼子菜(Potamogetoncrispus)，輪藻(Ch-aracoronata)等葉和莖的機械組織、角質層、導管等均發(fā)育不良，質柔軟，葉多半可進一步區(qū)分為細長形或線形。營養(yǎng)鹽類，O2及CO2主要是通過藻體表面攝取。 假根的發(fā)育也不良，多少具有吸收能力，但主要是作為固定器官來使用。另外，也有無假根的藻類(如金魚藻)。沉水植物是以根莖〔苦草屬、眼子菜屬(Potamogeton)〕、芽(黑藻屬、小葉眼子菜屬)、種子(刺藻)等進行越冬。
沉水型水生植物根莖生于泥中，整個植株沉入水中，具發(fā)達的通氣組織，利于進行氣體交換。葉多為狹長或絲狀，能吸收水中部分養(yǎng)分，在水下弱光的條件下也能正常生長發(fā)育。對水質有一定的要求，因為水質渾濁會影響其光合作用。花小，花期短，以觀葉為主。
因為沉水植物在生長過程中會吸收水體中的營養(yǎng)物質，包括氮、磷等。針對富營養(yǎng)化的湖泊、濕地，可采用每年有計劃地收割沉水植物的方式轉移水體中過量的營養(yǎng)物質，對緩解水體富營養(yǎng)化起到積極作用。
沉水植物在維持湖泊的清水穩(wěn)態(tài)中具有重要作用，隨著沉水植物的消失，湖泊可從清水狀態(tài)轉化成濁水狀態(tài)，稱為穩(wěn)態(tài)轉化。湖泊生態(tài)修復的一個重要任務就是通過沉水植物的恢復將湖泊從濁水狀態(tài)轉變成清水狀態(tài)。一般來說，內(nèi)穩(wěn)性低的沉水植物可以作為水生態(tài)修復的先鋒物種。 